La diferencia con la leche convencional está en la forma en la que se han cuidado las vacas. Lo que hace que la leche ecológica no contenga residuos de productos químicos ni de antibióticos, y tiene menos riesgo de estar contaminada con metales pesados. También según un estudio que hizo CIFA (Centro de formación agrária del Gobierno de Cantabria) en el 2007  la cantidad de omega3 y CLA (acidos grasos conjugados del linoleico, de enorme interés nutricional) en la leche ecológica es claramente superior.

En la ganadería ecológica se busca producir con razas autóctonas que son las más adaptadas al medio y por tanto las mas resistentes a las enfermedades y a los parásitos de nuestro entorno. Se tiene en cuanta el bienestar animal y las prácticas de cría son respetuosas con ellos.

La comida de las vacas tiene que provenir de cultivo ecológico. Los piensos no pueden representar más de un 40% de la dieta. Está prohibidos como aditivos los antibióticos y otros medicamentos, los estimulantes del crecimiento y los ingredientes transgénicos. Las vacas deben tener acceso a pastos y no puede haber más de dos vacas por hectárea de pasto para evitar la sobreexplotación de los prados y la acumulación de nitrógeno en el suelo. La mamitis es más infrecuente por el ejercicio y mejor alimentación, y en caso de enfermedad se han de usar sobre todo productos fitoterapeúticos, homeopáticos y oligoelementos. Los medicamentos convencionales sólo se usan en último caso y bajo control veterinario. Está prohibido el uso de hormonas. Los establos tienen que tener al menos seis metros cuadrados por vaca y en las zonas de ejercicio libre 4´5. Las vacas sólo pueden atarse por motivos de seguridad y durante periodos limitados.